本系(所)前身為「醫務管理科」，創設於1991年，為本校第四個成立的科系；1997年隨本校改制為技術學院，招收「醫務管理系」四技與二技學生；2003年本校改制為科技大學；於2004年成立管理學院，本系歸屬於管理學院；2007年因應近十年來國內的醫療事業管理的發展趨勢，由「醫院管理」擴展到「醫療產業管理」更名為「健康事業管理系」，以符合市場發展需求與政策發展趨勢；2011年奉准設立「健康事業管理研究所」，於100學年度招生。民國106年起，為因應本校未來發展所需，進行學術單位組織重整，本系所歸屬於醫療健康學院。目前的學制有日間部四年制，每年級招收2班；進修部四年制，每年級招收1班；碩士班2班，每屆招生15名，學生總數約600人。